在上海立足之后，李鸿章主要考虑到淮军今后的发展。曾国藩想要将上海置于湘军的控制之下而不是在淮军的控制之下，恩师的这种想法李鸿章却不能苟同，他认为上海乃是重要的枢纽城市，只要控制了上海，就可以控制饷源又便于与外国势力联合，并且淮军是上海官绅请来的，不可背弃。这样说来，上海官绅的人心向背关系着淮军的命运，另一个方面，它也与李鸿章的宦海生涯息息相关。于是，为了维护自己的权益，李鸿章给恩师曾国藩写信，给皇上写奏折，真真假假地陈述自己的理由，最终，清政府同意了李鸿章的请求：用沪平吴。李鸿章为自己确定了一个长期的战略目标，逐步实现他既定的关于军事、学战、吏治、筹饷和洋务等的战略方针。李鸿章下定决心要冲破一切艰难险阻，闯出属于自己的新局面，并且要使出浑身解数，尽早地将农民起义扼杀。
李鸿章在上海立足之后，就开始整顿江苏省的吏治，在人才招募方面也是煞费苦心。李鸿章认为，江苏和其他各省一样，官场腐败到了极点，其中最突出的则是上海。为了捞取钱财，这些官吏相互勾结、巧取豪夺，根本不将国法放在眼里。李鸿章很想将江苏一省尤其是上海官场上的歪风邪气扭转过来，但是他心有余而力不足，腐败集团的势力太大，强龙拗不过地头蛇，他必须耐心地等待。
